उपकुलपति र कुल सचिवको नियुक्तिका लागि सिफारिस गर्न विश्वविद्यालय अनुदान आयोगको अध्यक्षको संयोजकत्वमा शिक्षा मन्त्रालयका सचिव र नेपाल सरकारद्वारा मनोनित एकजना महिला शिक्षाविद् रहेको सिफारिस समिति रहने नेपाल खुला विश्वविद्यालय ऐन, २०७३ मा उल्लेख छ ।
उपकुलपति र कुल सचिवको पदमा नियुक्तिका लागि कुलपतिसमक्ष सिफारिस गर्ने व्यवस्था छ । तर, अहिलेसम्मपनि शिक्षामन्त्री नियुक्त हुन सकेका छैनन् । विश्वविद्यालयको कार्यकारी परिषद् अध्यक्ष उपकुलपति रहने प्रावधान छ ।
जसकारण भाको निर्णय तथा निर्देशन कार्यान्वयन गर्ने, गराउने, विश्वविद्यालयलाई आवश्यक पर्ने वित्तीय स्रोत जुटाउन आवश्यक काम गर्ने, विश्वविद्यालय सम्बन्धी नियमको मस्यौदा तयार गरी स्वीकृतिका लागि सभामा पेश गर्ने कामहरु प्रभावित भएका छन् । विश्वविद्यालयको शिक्षक तथा कर्मचारीको तोकिए बमोजिम नियुक्ति तथा बढुवा गर्नेलगायतका काम प्रभावित भएको छ ।
निवर्तमान उपकुलपति प्रा.डा.लेखनाथ शर्माको कार्यकाल सकिएपछि विगत चार महिनादेखि विश्वविद्यालय नेतृत्वविहीन अवस्थामा छ। प्रा.डा.शर्मा २०७४ जेठ १९ गते उपकुलपति नियुक्त भएका थिए ।